Logo quando Teófilo de Alexandria se envolveu na controvérsia origenista, posicionou-se ao lado de João de Jerusalém. Porém, Jerônimo lhe enviou cartas aduladoras e, assim, conseguiu que apoiasse a Epifânio. Hosea Ballou escreve na página 226, "Mas, aquilo que nenhuma persuasão pôde fazer, o interesse próprio e a vingança concretizaram rapidamente."

Teófilo já tinha se envolvido em uma disputa interna dentro da ordem dos monges nitrianos, ao lado do rio Nilo. A maioria deles amava Orígenes, mas o grupo menor o odiava simplesmente porque Orígenes havia se oposto à doutrina deles de que Deus possuía um corpo como o de um homem. Ficaram furiosos quando Teófilo escreveu um tratado concordando com Orígenes que Deus era um espírito e não possuía um corpo. Esses "Antropomorfitos" (como são chamados pelos teólogos) foram para Alexandria com a intenção de assassinar Teófilo, mas Teófilo os enganou os fazendo pensar que ele havia "visto a luz" e que estava, agora, de acordo com eles. Chegou ao ponto de prometer condenar as obras de Orígenes. Isso os satisfez, e regressaram para suas casas no deserto.

Enquanto isso, o idoso Isidoro, que era superintendente do asilo de pobres da igreja de Alexandria, recusou-se a aceitar a súbita mudança de doutrina de Teófilo. Naquela mesma época, uma viúva rica doou uma grande soma de dinheiro a Isidoro – sob a condição de que Teófilo não fosse informado sobre essa doação. Ela queria que o dinheiro fosse usado para suprir as necessidades das mulheres pobres, em vez de ser gasto em outros projetos de construção de Teófilo.

Logo que Teófilo se inteirou, ficou furioso, e baniu Isidoro com falsas acusações. Isidoro foi procurar refúgio entre os monges nitrianos que eram origenistas e que também criam que Deus era um espírito (João 4:24). Teófilo, então, enviou tropas para invadir e incendiar os mosteiros dos monges e torturar aqueles que se recusavam a entregar Isidoro em suas mãos. Isso causou grande indignação e horror entre os cristãos de Alexandria, que reverenciavam muito os monges como homens santos. Os admiradores de Orígenes fugiram imediatamente da jurisdição do bispo sedento de sangue. A maioria deles foi para o norte, para Scythopolis, Bete-Seã (Bet She'na em hebraico) cerca de cento e doze quilômetros ao norte de Jerusalém.

Assim, sendo Isidoro ser um grande admirador de Orígenes, Teófilo toma o partido de Jerônimo e Epifânio nessa disputa, e convoca apressadamente um Sínodo de seus bispos, emitindo o primeiro decreto oficial dessa categoria condenando Orígenes e a todos os que aprovaram suas obras. Isso ocorreu em 399 d.C. Hosea Ballou escreve na página 230,

"Grandes foram as felicitações mútuas de Teófilo, Epifânio e Jerônimo, por essas medidas decisivas. Eles informaram um ao outro, em suas cartas bombásticas, que a serpente do Origenismo estava agora decepada e estripada pela espada evangélica, que o anfitrião de Amaleque fora destruído, e a bandeira da cruz erguida nos altares da igreja de Alexandria. Teófilo enviou cartas a Roma, a Chipre e a Constantinopla, proclamando suas medidas tardias e exortando os respectivos bispos a seguirem seu exemplo. Assim, Anastásio, o novo Papa, que havia sucedido Sirício em Roma, agradeceu prontamente aos numerosos partidários de Jerônimo naquela cidade, emitindo um decreto [400 d.C.] que foi recebido por todo o Ocidente, condenando as obras de Orígenes; e Epifânio logo depois convocou um sínodo de seus bispos em Chipre, e obteve deles uma sentença semelhante."

O que talvez seja mais notável é que esses decretos não condenaram Orígenes por seu ensinamento sobre a salvação de toda a humanidade, mas por seus outros ensinamentos, incluindo, é claro, de que o diabo seria salvo no final. Havia muitos na igreja naquela época que continuavam a pregar a salvação de toda a humanidade sem nenhuma restrição por parte desses sínodos antiorigenistas.

Até mesmo João de Jerusalém foi intimidado por Teófilo e descobriu, dentro de si, uma revelação de que o outro lado estava certo afinal de contas. Contudo, em Constantinopla, João Crisóstomo era um bispo que possuía tanto a integridade quanto o poder de se opor a Teófilo.

Oitenta dos monges nitrianos escaparam e se dirigiram a Constantinopla para apelar a João Crisóstomo. João ficou horrorizado e reduzido a lágrimas quando os viu em seu triste estado e ouviu sua história. Os historiadores da igreja escreveram livros inteiros detalhando esse capítulo terrível da história da igreja. Teófilo conseguiu depor João Crisóstomo e enviar o santo ancião ao exílio, hostilizando-o até sua morte em 405 d.C. As acusações contra João foram cuidadosamente traduzidas para o latim por Jerônimo que "perdeu todo sentimento de decência e veracidade", Hans von Campenhausen, The Fathers of the Latin Church (Os Pais da Igreja Latina, p. 178).

Assim, devido a tais decretos, agora se espera que creiamos que a Reconciliação Universal é uma heresia. Se espera que cedamos aos decretos dos homens ímpios na igreja em virtude de suas posições como bispos ou arcebispos, independentemente de seu caráter pessoal. Sinto muito, mas não tenho tamanho respeito a homens maus a ponto de permitir que eles interpretem e estabeleçam a verdade das Escrituras. Os profetas do Antigo Testamento sofreram nas mãos dos sumos sacerdotes em seus dias; e não foi diferente alguns séculos após a entrada da era do Novo Testamento.

Os bispos da igreja acharam necessário condenar novamente Orígenes no Quinto Concílio Geral em 553 d.C., com a presença de apenas 148 bispos. Mesmo assim, nada foi dito especificamente sobre a crença de Orígenes em relação à salvação de todos os homens. Foi deixado ao imperador Justiniano (527-565 d.C.) a condenação da crença em Anátema IX, onde se lê,

    "Se alguém diz ou pensa que a punição de demônios e homens ímpios é apenas temporária, e que um dia terá um fim, e que uma restauração de demônios e de homens ímpios acontecerá, que seja ele anátema."

Esse parece ter sido o primeiro decreto oficial registrado condenando a restauração de todos os homens, e foi feito, não pela igreja, mas por um Imperador Romano que participou do Concílio da Igreja. Ironicamente, o mesmo Concílio elogiou Gregório de Níssa, que acreditava que não só que todos os homens, mas também todos os anjos seriam salvos. Tal é a natureza inconsistente dos decretos do Concílio da Igreja.

Outro Concílio da Igreja em 692 condenou novamente Orígenes por sua crença de que o diabo seria salvo no final.  Depois desse tempo, a igreja entrou no período da "idade das trevas" que os historiadores descrevem como "A Idade de Ouro da Ignorância Profunda". A luz da Palavra de Deus não brilhou novamente até a época da Reforma Protestante no século 16, que ocorreu em grande parte devido à invenção da imprensa, e que trouxe as Escrituras para o povo comum. Igualmente, através dos esforços do tradutor, John Wycliffe, essas Escrituras foram trazidas ao povo comum em sua própria língua.

À luz atual das Escrituras, juntamente com algum conhecimento histórico de como este grande ensinamento da Restauração foi perdido, temos a oportunidade de ver a verdade que foi sepultada por muitos séculos por homens inescrupulosos na igreja primitiva. No ano 2000, o Papa João Paulo II emitiu um inexplicável, mas formal, pedido de desculpas pelas ações de alguns de seus zelosos seguidores nos séculos passados. Posso sugerir que a Igreja também peça desculpas pelas ações de Epifânio, Jerônimo, e especialmente de Teófilo de Alexandria?

Aqueles entre nós que creem na Reconciliação Universal têm muitos precedentes no ensino dos grandes líderes da igreja primitiva. Seus ensinamentos foram perdidos através das lutas políticas de homens sem escrúpulos, invejosos e mordazes que foram bispos da igreja, mas não verdadeiros bispos aos olhos de Deus. A história verdadeira é escrita por historiadores, caso alguém tenha interesse em estudar a história da igreja.

A história da igreja em si não prova que o ensinamento seja verdadeiro, porém ela nos mostra como esse ensinamento se perdeu e por que a maioria dos teólogos da igreja nos últimos anos ensinou as doutrinas alternativas de um inferno tortuoso e eterno para a grande maioria da humanidade. Por essa razão, esta curta história da igreja é útil, pois coloca o ensinamento da reconciliação universal em seu contexto próprio.